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MODULE I: DNA STRUCTURE
Figure 1 – Chemical structures and numbering systems for sugars found in DNA and RNA.
Figure 2 – Chemical structures
for the pyrimidine class of
nitrogen-containing bases
found in DNA and RNA.
Figure 3 – Chemical structures
for the purine class of nitrogen-
containing bases found in DNA
and RNA.
Individual nucleotides are formed with the phosphate attached to the 5’- carbon. As new DNA
strands are formed (see Module 2: Replication), new deoxyribose sugars with phosphates already
attached to their 5’- carbons always connect to the growing strand by bonding to the OH of the 3’-
carbon of the last sugar of the growing chain. To visualize this process, one can think of the
phosphate on the 5’- carbon of the new nucleotide as a lasso that is used to grab the 3’- OH and
attach the new unit to the growing chain. As a result, every strand of DNA has one free 5’- end with
an unattached phosphate (the first unused lasso).
The “rungs” of the DNA ladder are composed of nitrogen-containing bases. There are four different
nitrogen-containing bases in the DNA molecule: adenine (white Rod), thymine (black Rod), cytosine
(teal Rod), and guanine (silver Rod). These nitrogen-containing bases pair in a very specific way to
form the individual rungs of the ladder. Adenine always pairs with thymine, and cytosine always pairs
with guanine. These pairs, adenine bonded to thymine and cytosine bonded to guanine, are called
complementary base pairs. These pairings maintain the parallel sides of the DNA molecule because
they have a common length. One larger purine base always pairs with one smaller pyrimidine base
(see Figures 2 and 3 below).
5’ 5’
4’ 4’1’
1’
3’ 3’
2’
2’
LESSON 1
888-ABC-KNEX
Education
®
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